اما بر حسب محتوا و مدلول، قرائات در دو دسته اصلی قرار می‌گیرند:

۱. قرائات با ماهیت امامی. می‌توان دو گونه قرائت را از یکدیگر تمایز داد (هرچند این تمایز همیشه چندان واضح نیست):

‌أ. قرائاتِ آشکارا شیعی. این قرائات که در آنها از علی[[ع]] (به نام، یا با یکی از القاب، مثل: ولی، وصی و...)، امامان، خاندان پیامبر[[ص]]، ولایة، نام‌ها یا کنیه‌های دشمنان خاندان پیامبر[[ع]]، اصطلاحات فقهی یا آموزه‌های امامی و... یاد شده است.

‌ب. قرائات امامی غیرآشکار. قرائت‌هایی که ماهیت امامی‌شان از تفسیرهایی که مفسران به آنها می‌دهند معلوم می‌شود.

۲. قرائاتی که ماهیت امامی ندارند.

قرائت‌های دسته ۱.الف منحصرا در آثار امامی یافت می‌شوند، قرائات دسته ۲ و حتی بعضی از قرائت‌های دسته ۱.ب در آثار غیرامامی هم یافت می‌شوند. ترکیب قرائت‌هایی که رنگ‌وبوی فرقه‌ای دارند با قرائت‌هایی که چنین نیستند، خاص آثار امامی است.

بسیاری از قرائات منسوب به برخی امامان در متون امامی، همان قرائات منسوب به عبد الله بن مسعود و اُبیّ بن کعب در منابع دیگر هستند.^۱ این موضوع فرضِ قرابت میان ابن مسعود و شیعیان کوفه را تأیید می‌کند،^۲ و نشان می‌دهد که تأثیر مصحف اُبَی فراتر از مرزهای سوریه، که این مصحف در اصل در آنجا رواج یافت، بوده است.^۳ اگر موضع عالمان مختلف در سده‌های میانی ـ مبنی بر اینکه قرائات ابن مسعود و اُبَی واقعا قرائت‌هایی پیشاعثمانی هستند ــ درست باشد،^۴ آن گاه درباره قدمتِ دست‌کم برخی قرائت‌های امامی

تفسیری امامیه، تفسیر باطنی لایه‌ای اضافه بر تفسیر لفظی است، نه یگانه تفسیر.^۱

طبق یک دیدگاه، در آیاتی که معنایشان واضح است (محکمات) ـ مانند آیاتی که اعمال مرسوم در دوره جاهلیت را ممنوع می‌کنند ــ فرقی میان معنای لفظی و تفسیر باطنی نیست (ما تأویله في تنزیله/تفسیره).^۲

خط خاص دوم نقل گسترده دگرخوانش‌ها ( قرائات) است. روشن و معلوم است که موضوع تعدد قرائات و مسئله تمامیت متن قرآنی اغلب، به‌ویژه در قرن نخست، ذهن عالمان مسلمان را مشغول داشته است.^۳ برای عالمان امامی، مخصوصا در دوران متقدم، این مسائل اهمیت ویژه‌ای داشت: آنان بر این عقیده بودند که متن عثمانی عینا همان قرآن اصلی نیست، چون برخی از یاران پیامبر[[ص]] (صحابه) آیاتی از قرآن، مخصوصا آیاتی که از حق علی[[ع]] برای حکومت صحبت می‌کردند، را حذف یا تحریف کرده‌اند.^۴ یکی از اهداف مهم مفسران قرآن این بود که دست‌کم شکل اصلی برخی از آن آیات را ارائه کنند.^۵

از منظر متنی، می‌توان قرائات موجود در آثار تفسیری امامیه را، بر اساس تفاوت‌هایشان با متن عثمانی، به چند دسته تقسیم کرد:

۱. تغییر اعراب؛

۲. تبدیل یک یا چند کلمه به یک یا چند کلمه دیگر؛

۳. تغییر ترتیب کلمات؛

۴. افزودن یک یا چند کلمه؛

۵. ترکیب عناصری از دسته‌های اول تا چهارم.^۶