لانّک کنت علي يقين من طهارتک ثمّ شککت فليس ينبغي لک ان تنقص اليقين بالشک ابداً... . ^۱
به علّت اين ‌که تو ابتدا يقين به طهارت داشتي و بعد شک کردي، سزاوار نيست که يقين خود را به شک، نقض کني... .
نسبت به اصالة الحل در شبهات، عبد الله بن سنان، از امام صادق عليه السلام نقل مي‌کند:
کل شيء فيه حلال و حرام فهو لک حلال حتي تعرف الحرام منه بعينه فتدعه. ^۲
هر چيزي که در آن، حلال و حرام است، براي تو حلال است تا زماني که به حرام آن، شناخت پيدا نکردي.
در باره حجّيت خبر واحد، حسن بن علي بن يقطين و عبد العزيز مهتدي، جداگانه از امام رضا عليه السلام سؤال مي‌کنند: براي من امکان ندارد كه هر زماني خدمت شما برسم و مسائل دينم را ـ که احتياج دارم ـ از شما سؤال کنم. آيا يونس بن عبد الرحمان، ثقه و مورد اطمينان است که در موقع نياز، آموزه‌هاي دينم را از او بگيرم؟ امام عليه السلام فرمود: «بله». ^۳
در اين روايت، راوي، حجّيت خبر واحد را مفروغ عنه گرفته و امام عليه السلام هم حرف او را تقرير کرده و فقط از ثقه بودن يونس سؤال مي‌کند.
در باره نقل حديث به معنا و مضمون، محمّد بن مسلم، از امام صادق عليه السلام مي‌پرسد: حديثي را از شما مي‌شنوم و آن را کم يا زياد مي‌کنم. امام صادق عليه السلام فرمود: «اگر نقل به معنا کنيد، اشکالي ندارد ». ^۴
امام صادق عليه السلام پس از آن ‌که ابو حنيفه را از قياس کردن نهي مي‌کند، با او در باره عدم حجّيت قياس، مناظره مي‌کند و امام عليه السلام از او مي‌پرسد: «قتل نفسْ [گناهي] بزرگ‌تر است يا زنا؟». ابو حنيفه جواب مي‌دهد: قتل نفس.

در باره تقليد ـ که از مسائل علم اصول است ـ ، امام عسکري عليه السلام از امام صادق عليه السلام روايتي را بيان مي‌کند که شرايط مقلَّد را بازگو مي‌کند:
فامّا من کان من الفقهاء صائناً لنفسه حافظاً لدينه مخالفاً علي هواه مطيعاً لامر مولاه فللعوام ان يقلدوه و ذلک لا يکون الاّ بعض فقهاء الشيعة لا جميعهم. ^۱
افرادي از فقها که نگاه دارنده نفس خويش و نگهبان دين خود هستند و با هواي نفس، مخالفت مي‌نمايند و امر مولايشان را پيروي مي‌کنند، بر انسان‌هاي عوام است که از آنها تقليد کنند و اين شرايط را بعضي از فقهاي شيعه دارا هستند، نه همه‌شان!
نسبت به اجتهاد و فقاهت ـ که از اهمّ مسائل علم اصول است ـ ، امام صادق عليه السلام مي‌فرمايد:
مَن کان منکم قد روي حديثنا و نظر في حلالنا و حرامنا و عرف أحکامنا فليرضوه حکماً... . ^۲
کسي از شما شيعيان كه حديث ما را روايت کند و نظري در حلال و حرام ما داشته باشد و احکام ما را بشناسد، به حَکَميت او راضي شويد... .
در باره اصل اباحه و برائت اصليه، امام صادق عليه السلام مي‌فرمايد:
کل شيء مطلق حتي يرد فيه نهي.^۳
هر چيزي مطلق و رهاست، تا زماني که نهي در آن وارد نشده باشد.
در سخن ديگر مي‌فرمايد:
ما حجب الله علمه علي العباد فهو موضوع عنهم.^۴
آنچه را که خداوند از علم خود بر بندگانْ پنهان داشته و بيان نکرده، حکم آن برداشته شده است.
وي در باره استصحاب در شبهات، از زراره، از امام باقر عليه السلام يا امام صادق عليه السلام چنين نقل مي‌کند: