الاربعون الحديث في الامامة، شامل چهل حديث از طرق اهل سنت، براي اثبات خلافت بلافصل حضرت علي عليه السلام است. اين کتاب که در برخي از نُسخ مدارج اليقين ناميده شده، به گمان محدّث بحراني و محدّث نوري، از بهترين تأليفات اوست.
برخي از ديگر آثار او: الفوائد النجفية (رساله مختصري نظير الفوائد الطوسية شيخ حرّ عاملي که صاحب حدائق از آن نقل مي‌کند)؛ کتاب رجاليِ بلغة المحدّثين؛ و نيز فهرست علماء البحرين (شرح حال ۳۳ نفر از علماي بحرين)؛ جواهر البحرين في علماء البحرين (شرح حال سيزده نفر از علماي آن ديار)؛ و فهرست آل بابويه (در شرح حال ۲۲ از علماي بابويهي از جمله شيخ صدوق) که اين سه، در يک مجموعه به نام فهرست آل بابويه و علماء البحرين به چاپ رسيده‌اند.
بررسي رويکرد او
از ميان تأليفات محقّق بحراني، آنچه در اين پژوهش به کار ميآيد، العشرة الکاملة است که در باره اصول فقه و اجتهاد و تقليد است و از نام آن نيز مي‌‌توان حکم به اصولي بودن مؤلفش کرد؛ چنان که شيخ يوسف بحراني مي‌گويد:
اين کتاب، دليل بر اين است که وي اصولي و اهل اجتهاد بوده؛ ولي از مفهوم برخي از فوائد او در الفوائد النجفية ـ که بعد از اين کتاب نوشته ـ بر ميآيد که از عقيده‌اش بر گشته و مسلک اخباريان را انتخاب کرده است. ۱
شايد ميرزا محمّد تنکابني هم تحت تأثير سخن شيخ يوسف بحريني واقع شده که او را از اخباريان شمرده است. ۲به هر حال، اگر سخن شيخ يوسف درست باشد، شايد بتوان رساله‌اي را که در وجوب عيني نماز جمعه نوشته، نيز قرينه‌اي بر اخباري بودنش دانست. ۳ولي اين مقدار، براي اثبات اخباري بودن او کافي نيست؛ هرچند قرائني را که بر گرايش او به اخبار دلالت دارند، نمي‌توان انکار کرد. از آن جمله، اين که شاگرد برجسته‌اش شيخ عبد الله سماهيجي، نه تنها اخباري که حتي اخباريِ تندرو بوده است. ۴
