پس از رفع نواقص ـ كه گاه چند ماه طول مى كشد ـ ، موضوعِ مورد تحقيق ، به اين جانب باز مى گردد و متناسب با يافته هاى جديد ، ساماندهى نهايى صورت مى پذيرد و تنظيم اوّليه ، گاه ، تقويت و تكميل مى گردد و گاه ، تغيير اصولى مى يابد.
۳. نقد
در صورتى كه پس از تنظيم ثانوى ، نقصى مشاهده شود ، مجدّدا پژوهشگرِ همكار ، براى رفع آن ، اقدام خواهد كرد . ۱ در غير اين صورت ، حاصلِ كار ، براى نقد و ارزشيابى به يك يا دو كارشناس ، ارائه و متن، طبق آيين نامه خاصّى ، نقد مى گردد و پس از نقد متن ، اگر ضرورت داشته باشد ، اصلاحاتى انجام مى گيرد.
۴. مصدريابى (تخريج) و انتخاب متون
يكى از مراحل مهم تدوين دانش نامه ها در اين پژوهشكده ، تخريج يا مصدريابى (منبع يابى) متون آن است . در اين مرحله ، پژوهشگر ديگرى از طريق برنامه هاى نرم افزارى ، براى يافتن مصادر (منابع) ، جستجو مى كند . سپس ، جامع ترين ، استوارترين و كهن ترين مصدر را انتخاب مى نمايد و نشانى مصادر يافت شده را بر اساس ميزان اعتبار آنها ، تنظيم مى كند و اگر متن قوى ترى يافت شد ، جايگزين متن اصلى مى گردد و گزارش هاى مكرّر را ، جز در موارد ذيل ، حذف مى نمايد :
الف ـ وجود نكته مهمّى در متن جديد ؛
ب ـ تفاوت لفظى در متونى (نصوصى) كه از طريق شيعه و اهل سنّت ، نقل شده اند ؛
ج ـ تكرار در چند باب ، مشروط به اين كه نقل ، كوتاه باشد .
در غير اين موارد ، روايات مكرّر ، حذف مى شوند و نشانى آنها ، طبق آيين نامه ، در پانوشت، افزوده مى شود.