وحربه مع الحكومة أدّت إلى انتصاره وسيطرته على مدينة الأبيض سنة۱۳۰۰ ه، وبعدها هُزمت أمامه القوات المصريّة عدّة مرّات. وفي إحدى المعارك قُتل غوردن القائد الإنكليزيّ المسيحيّ، فأشاعوا أنّه هو الدجّال الذي ينبغي أن يُقتل من قبل المهديّ.۱
وبينما شُغل المهديّ السودانيّ بتشكيل دولته أصابه مرض الكوليرا، فتوفّي إثر ذلك بمدينة أُمّ درمان۲ في التاسع من رمضان سنة ۱۳۰۲ ه، ومرقده مازال ماثلاً فيها، ويُزار حتّى الوقت الحاضر.
تُعدّ ثورة المهديّ السودانيّ ضرباً من الثورة على الغرب والحضارة الغربيّة؛ لأنّ الغربيّين سيطروا على تلك النواحي بذريعة الإعمار والتنمية، على الرغم من أنّ تلك الهيمنة باسم سيطرة مصر على السودان، فكان هدف المهديّ طرد السلطة التركيّة ومن حكم في مصر منذ القدم، على الرغم من عدم وجود الأتراك حينذاك، كما أنّه لم يهتف رسميّاً بشعار ضدّ المسيحيّين.
قبل وفاته نصّب عبد اللّه التعايشيّ خليفة له، وقُتل الأخير في معركة بينه وبين الجيش المصريّ الإنكليزيّ سنة ۱۸۸۸م، ثمّ أعقبه (علي الود الحلو) الذي يعتبر ثاني خليفة له.
وقيل: إنّ المهديّ السوداني ذكر حضوره لدى رسول اللّه صلىاللهعليهوآله في اليقظة واستلام الأوامر منه، كما التقى الخضر عليهالسلام وعزرائيل وبعض المشايخ الماضين. وأهمّ حكم ادّعى أنّه تلقّاه عن النبيّ صلىاللهعليهوآله هو تكفير كلّ من لايسلّم بكونه المهديّ المنتظر.
وقد شرح في إحدى رسائله التي بعثها للقبائل، ادّعاءه الباطل على مهدويّته وعلاماتها، بنحوٍ لم يترك فيه أيّ مجال للشكّ في صحّته.۳
أرسل ملك مصر أمثال ادّعاءاته تلك إلى علماء الأزهر ليحكموا عليه، فرفضوا بصراحة مهدويّته، وأحد الإشكالات التي أوردوها عليه: هي أنّ المهديّ لا ينبغي أن يخرج من السودان، بل يظهر في مكّة.۴