متشکل از احکام، می‌توانست در کنار یک نظام حکومتیِ تثبیت‌شده مانند حکومت تحت سلطه ایلخانان اِعمال شود (در واقع نظام اسماعیلی نیز تحت حکومت فاطمیان در مصر در یک قرن پیش از آن چنین شرایطی داشت.) جانشینان اسماعیلی‌های (فِداوی‌های) متأخر رژیم الَموت و هم‌چنین گروه‌‌های انشعابی، مانند غلات نصیری، در یک رژیم سازمان‌‌یافته و کاملاً تثبیت‌شده هیچ جایگاهی نداشتند.
با این حال پیروزی مکتب تشیع إثنی عشری دیری نپایید و مغولان تحت حکومت ابوسعید (و حتی پیش از آن در معدود سال‌‌های پایانی حکومت اولجایتو) به ترکیب اهل سنت برگشتند. دست‌کم این مسئله به شکل رسمی و صوری تحقق یافت؛ چرا که اثنی عشریة در واقع زیر پرچم برخی از حکومت‌های مغولیِ جایگزین، همانند جلایریان و چوبانیان، به حیات خود ادامه داد.
عالمان شیعی در نسل دوم و سوم پس از ابن مطهر به تلاش برای جلب نظر مساعد حکومت مرکزی (هر حکومت مرکزی‌ای؛ زیرا بعد از ایلخانان استفاده از این تعبیر بیشتر آکادمیک می‌شود) به مکتب تشیع إثنی عشری ادامه دادند. محمد بن مکی عاملی، شهید اول (د. ۷۸۶ق/۱۳۸۴م) و احمد بن فهد حلی (د. ۸۴۱ق/۱۴۳۷م) دو تن از این عالمان برجسته هستند. اما در زمان آنان این رویکرد تغییرات اندکی پیدا کرد. برای نمونه، فعالیت‌های ابن مکی با سلسله سربداران از غلات همراه بود، در حالی که ابن فهد رابطه‌‌ای صمیمانه با دو گروه غلات و صوفیه داشت. دو تن از شاگردان مشهورتر وی عبارتند از: محمد بن فلاح، مؤسس حکومت شیعی افراطی مشعشعه در زمین‌‌های باتلاقی جنوب عراق و محمد نوربخش، بنیان‌گذار فرقه صوفی نوربخشیه در شرق ایران.
این سخن که مکتب تشیع إثنی عشری با از دست دادن قدرت خود و بین فرقههای صوفی و جنبش‌‌های شیعی افراطیِ قرن ۱۴ و ۱۵ پناهگاهی موقتی یافت، به معنای انکار توجه مستمر و نگرانی شدید علما و روحانیان إثنی عشری نسبت به
