وسار جيش المختار بقيادة إبراهيم بن مالك الأشتر في ذي الحجّة سنة ۶۶ للهجرة ، نحو جيش ابن زياد الذي كان قد تسلّل إلى الحدود الشماليّة الغربيّة من العراق، ونشبت حرب ضروس بين الجيشين، وهُزم جيش الشام في عاشوراء من سنة ۶۷ للهجرة وقُتل ابن زياد . ^۱ وأرسل المختار رأس ابن زياد إلى الإمام عليّ بن الحسين عليه السلام ، فأتى رسول المختار برأس ابن زياد إليه وكان عليه السلام يتناول الطعام ، وفي بعض الروايات أنّ الإمام سجد شكراً للّه عندما رأى رأس ابن زياد وقال :
الحَمدُ للّهِ الَّذي أدرَكَ لي ثَأري مِن عَدُوّي ، وَجزَى اللّهُ المُختارَ خَيراً . أُدخِلتُ عَلى عُبَيدِ اللّهِ بنِ زِيادٍ وهُوَ يَتَغدّى ورَأسُ أبي بَينَ يَدَيهِ ، فَقُلتُ : اللّهُمَّ لا تُمِتني حَتّى تُرِيَني رَأسَ ابنِ زِيادٍ . ^۲
وروي عن الإمام الصادق عليه السلام أنّه قال :
مَا اكتَحَلَت هاشِمِيَّةٌ وَلا اختَضَبَت ، ولا رُئِيَ في دارِ هاشِمِيٍّ دُخانٌ خَمسَ حِجَجٍ حتّى قُتِلَ عُبيدُ اللّهِ بنُ زيادٍ لعنه اللّه . ^۳
ولجأ الفارّون من الكوفة إلى والي البصرة مصعب بن الزبير ، ^۴ وحرّضوه على محاربة المختار . فاستعدّ مصعب للحرب ، ^۵ والتقى الجيشان، ولكنّ المختار تكبّد في هذه المرّة خسائر فادحة ، وحاصره العدوّ في دار الإمارة، وقُتل خلال الحرب، واستسلم الباقون من أنصاره . ^۶

سنة ۶۶ للهجرة بدأت ثورة المختار بحركة عدد من المسلّحين بقيادة إبراهيم بن مالك الأشتر ^۱ نحو دار المختار، وكانت الكوفة خاضعة للأحكام العرفيّة، فقطع الجيش الطريق على إبراهيم ومرافقيه ، فقتلوا قائد الجند وهزموا القوات الخاضعة لإمرته ، ^۲ وأصدر المختار في الليلة نفسها الأمر بالثورة العامّة بشكل رسمي، واشتبكت قوّاته مع قوّات العدوّ تحت شعار «يالثارات الحسين»، واستمرّت الاشتباكات حتّى سقط آخر مواضع العدوّ في ربيع الثاني عام ۶۶ ، وخضعت الكوفة لسيطرة المختار وأنصاره بشكل كامل . ^۳
وبعد أن سيطر المختار على الأوضاع ، انبرى للبحث عن مجرمي واقعة كربلاء ، فألقى القبض على الكثير منهم وقتلهم ^۴ ، ^۵ ولكنّ القائد المباشر لمعركة كربلاء ـ أعني ابن زياد ـ لم يزل حيّاً ، وكُلّف من جانب عبدالملك بن مروان بأن يقمع ثورة المختار بجيشٍ قوامُه ثمانون ألفاً .