جنبه منفی دیگر رویکرد روش‌شناختی ایزوتسو، بر اساس دیدگاه منتقدین آن، این است که او روابط میان مفاهیم قرآنی را در چارچوبی بی‌زمان مورد بحث قرار می‌دهد،‌گویی در فرآیندی زمان‌مند وجود نداشته‌اند. این مسئله به طور خاص با آیاتی که برای تحلیلش استفاده می‌کند، نشان داده می‌شود. برای مثال، وی وقتی روابط میان مفاهیم را مورد بحث قرار می‌دهد، به سوره‌های مکّی خاص و سوره مدنی متأخرِ توبه بدون هیچ شرایطی اشاره می‌کند. همچنین او بارها به سبب قربانی کردن مطالب فرازبانی به پای روش‌شناسی‌اش، مورد انتقاد قرار گرفته است که این مطالب می‌توانند نقش مهم در فهم مفاهیم قرآنی داشته باشند؛ بنابراین، تقریباً همه انتقادهای اخیر از ایزوتسو اشاره می‌کند که سنت‌های پیامبران و سیره عملی آنها که فرایندی مشترک با وحی الهی قرآنی دارند، به صورتی ظریف در تحلیل ایزوتسو نادیده گرفته می‌شوند.

موضوع دیگر مهم که با این منتقدین جوان به بحث گذاشته شده، شعر دوره جاهلیت است که تقریباً تنها منبع غیرقرآنی است که ایزوتسو به آن در تحلیل مفاهیم قرآنی اشاره می‌کند. ایزوتسو در توضیح ساختار معنایی واژه‌های قرآنی به شدت به شعر پیش از اسلام نزدیک می‌شود.

با این وجود پیش از آن‌که رویکرد ایزوتسو به این منابع را بررسی کنیم، مهم است اشاره کنیم که تحلیل ساختاری معنایی او واژه‌های عربی را به سه مرحله تقسیم می‌کند: مرحله پیش از قرآنی (جاهلی)، مرحله قرآنی و مرحله پس از قرآنی (به طور خاص مربوط به دوره عباسی). افزون بر این، او واژه‌های پیش از قرآنی را به بدوی (اعراب بادیه‌نشین)، مارکانتیل و یهودی -مسیحی (شامل نظام حنیفی) تقسیم‌بندی می‌کند. این طبقه‌بندی، تحلیلِ همزمانی شامل دوره‌های مختلف را در تحلیل در زمانی برای توسعه اندیشه و فرهنگ قرار می‌دهد. به نظر می‌رسد - بر خلاف طبقه‌بندی عموم شرق‌شناسان (دوره ابتدایی، دوره میانی و

زبان‌‌شناختی منطبق نیستند، حتی اگر بپذیریم ذره‌ای حقیقت در مفهوم یک جامعه زبانیِ مرکب وجود دارد؛ بنابراین، یک هویت فرهنگی را می‌توان در طبقات اجتماعی مختلف در کشورهای مختلف یافت. به بیان دیگر، ممکن است یک همپوشانی فرهنگی میان دو جامعه با دو زبان متفاوت وجود داشته باشد، اگر این زبان‌ها از خانواده زبانی یکسانی باشند. همپوشانی می‌تواند رخ دهد؛ زیرا هیچ جامعه‌ای به طور کامل هَمگِن نیست. ممکن است گروه‌های خاصی وجود داشته باشند که ابزارهای زبانی مشابهی را در یک کشور مورد استفاده قرار دهند، اما نمی‌توان در نظر گرفت که همه افراد یک جامعه به طور مساوی قادر به رمزگردانی رمزگان‌های زبانی هستند. ایزوتسو این تمایز را هنگام در نظرگرفتن گروه‌های زبانی مختلف در دوره پیش از قرآن مورد بحث قرار می‌دهد، اما با توجه به دوره قرآنی این امر را صورت نمی‌دهد. دانشمندان جدید به نسبیت‌گرایی روش‌شناختی ایزوتسو علاقه‌مندتر هستند تا این مسئله که آیا چنین تمایزی با توجه به دوره قرآنی وجود داشته است یا نه؟

مسئله حیاتی دیگر این است که به نظر می‌رسد ایزوتسو، همانند همه ساختارگرایان، شرایط تاریخی این دوره و همچنین تأثیر وحی الهی بر جامعه اسلامی را نادیده می‌گیرد. منتقدینِ ایزوتسو استدلال می‌کنند که معنای متن قرآنی را نمی‌توان به محتوای متنی آن محدود کرد. مهم است که در نظر بگیریم چگونه نخستین مخاطبینِ وحی قرآن را خوانش می‌کردند، چه رابطه‌ای با آن داشتند و چگونه نمازهای یومیه خود را با قرآن می‌خواندند و حتی چگونه و چه زمان از آیات قرآنی در زمان نیاز به‌عنوان طلسم استفاده می‌کردند. به طور خلاصه نوع تحلیل ایزوتسو همیشه نه‌تنها اتفاقات رخ داده در روابط وجودی مسلمانان با قرآن را نادیده گرفته است، بلکه نقش قرآن در روابط اجتماعی نیز به طور کلی در نگاه و رویکرد او مورد غفلت واقع شده است.