محمد باقر خرسان نجفى
از: حسين بن على بلادى بحرانى۶۲۷۵
محمد باقر دماوندى
به: محمد بن عبد الوهاب همدانى، امام الحرمين (ابن داود)۶۱۷۶
محمد باقر سلماسى خويى
از: محمد مهدى بن ابى القاسم موسوى شهرستانى حائرى (م ۱۲۱۶ق)۵۶۱۵
محمد باقر شوشترى
از: نعمت الله بن عبد الله موسوى تسترى جزايرى، سيد (م ۱۱۱۲ق)۵۶۱۶و۵۶۱۷
محمد باقر طباطبايى اصفهانى
از: محمد باقر بن محمد تقى مجلسى، علامه (م ۱۱۱۰ق)۵۶۱۸
محمد باقر قزوينى (م ۱۳۶۵ق)
به: آيت الله شهاب الدين بن محمود مرعشى نجفى۶۲۸۰
محمد باقر مازندرانى
از: محمد بن محمد زمان كاشانى اصفهانى (زنده در ۱۱۷۲ق)۵۶۲۰
محمد باقر هزار جريبى
به: بحر العلوم محمد مهدى بن مرتضى طباطبايى۵۰۲۲
از: چند اجازه دهنده۵۶۲۱
محمد باقر همدانى
به: محمد بن عبد الوهاب همدانى، امام الحرمين (ابن داود)۶۱۷۶
محمد باقر همدانى (زنده در ۱۲۹۵)
به: ابو تراب كرمانى طبيب۵۰۶۸
محمد بخيت مطيعى مصرى (م ۱۳۵۴ق)
به: آيت الله شهاب الدين بن محمود مرعشى نجفى۶۲۸۰
محمد بسطامى
از: محمد باقر بن محمد تقى مجلسى، علامه (م ۱۱۱۰ق)۵۶۲۲

به: محمد على ابرقويى۵۰۲۳
به: سيد قوام الدين قزوينى۵۰۲۳
به: ملا خليل۵۰۲۳
به: على اكبر خوانسارى۵۰۲۳
به: ملا محمد مهدى (داماد شفتى)۵۰۲۳
به: محمد بن محمد ابراهيم كرباسى۵۰۲۳
به: ملا محمد شفيع۵۰۲۳
به: على اكبر خوانسارى۵۰۲۳
به: ملا احمد تربتى۵۰۲۳
به: ميرزا عبد الواسع۵۰۲۳
به: ملا احمد على۵۰۲۳
اجازات حجة الاسلام شفتى به شاگردان۵۰۲۳
از: محسن بن حسن حسينى۶۱۸۸
از: شيخ جعفر كاشف الغطاء۶۱۸۸
از: ميرزا ابو القاسم بن حسن قمى (صاحب قوانين)۶۱۸۸
از: جعفر بن خضر جناجى نجفى، كاشف الغطاء (م ۱۲۲۷ق)۵۶۰۷
از: محسن بن حسن حسينى (زنده در ۱۲۲۳ق)۵۶۰۸
از: محمد مهدى بن ابى القاسم موسوى شهرستانى حائرى (م ۱۲۱۶ق)۵۶۰۹
از: ابو القاسم بن حسن گيلانى قمى (ميرزاى قمى) (م ۱۲۳۱ق)۵۶۱۰
محمد باقر بيابانكى
از: محمد باقر بن محمد تقى مجلسى، علامه (م ۱۱۱۰ق)۵۶۱۱
محمد باقر جزى
از: محمد باقر بن محمد تقى مجلسى، علامه (م ۱۱۱۰ق)۵۶۱۲
محمد باقر حسينى
از: محمد بن حسين عاملى، بهاء الدين (شيخ بهايى) (م ۱۰۳۰ق)۵۶۱۳و۵۶۱۴