سید مرتضی روح را هوایی می‌‌‌داند که در مجاری انسان زنده جریان دارد (الهواء المتردد فی مخارق الحی). روح قائم به نفس نیست، از این رو، در صورتی که از بدن مفارقت کند، حس و حیات و ادراک نخواهد داشت.^۱ به نظر وی، روح خود حیات نیست، بلکه چیزی و در واقع هوایی است جاری در بدن که حیات بدن و استمرار حیات بدن به آن وابسته است. بنابراین نمی‌‌‌توان گفت که ارواح مؤمنان بعد از مرگ همدیگر را زیارت می‌‌‌کنند.^۲ وی بر اساس همین مبنا خلقت ارواح دو هزار سال پیش از ابدان را رد می‌‌‌کند؛ چراکه ارواح به خودی خود حیات ندارند تا بتوانند پیش از ابدان خلق شده باشند.^۳

با این حال، سید مرتضی حیات برزخی را انکار نمی‌‌‌کند و تلاش می‌‌‌کند برای آن تبیینی سازگار با مبانی انسان‌‌‌شناختی خود عرضه کند. به نظر وی، عذاب قبر امتناعی ندارد؛ چراکه میت در قبر ابتدا زنده، آنگاه عذاب می‌‌‌شود. تنگ بودن قبر مانع از آن نیست که ملائکه عذاب بتوانند میت را عذاب کنند؛ چراکه قبر توسعه داده می‌‌‌شود تا امکان عذاب فراهم شود. گذشته از آن، ملائکه عذاب به دلیل لطافتشان نیاز به وسعت مکان ندارند. همچنین اینکه ما به هنگام نبش قبر با عذاب میت مواجه نمی‌‌‌شویم از آن رواست که این عذاب، پیش یا پس از نبش کردن رخ می‌‌‌دهد.^۴

سید مرتضی حیات برزخی شهدا که در قرآن تصریح شده را معقول می‌‌‌داند؛ چراکه حیات برزخی به طور کلی، خواه در نعمت و خواه در نقمت، مستلزم آن نیست که خداوند همه اجزای محسوس بدن را اعاده کند، بلکه اعاده بخشی از اجزا که قوام حیات به آن است؛ ضرورت دارد یعنی اجزائی که در نبودشان حیات انسان از دست می‌‌‌رود. همه اجزای بدن انسان چنین نیستند؛ مثلاً دست و پای انسان از

خواه بتوان جمعی مقبول از مجموع سخنان شیخ مفید درباره روح ارائه داد یا نه، می‌‌‌توان دیدگاه وی را در نفی وجود پیشین ارواح چنین جمع‌‌‌بندی کرد که همان‌‌‌طور که اشاره شد، وی وجود پیشین انسان را در وهله نخست به این دلیل ساده رد می‌‌‌کند که روح عرض است و عرض نمی‌‌‌تواند قائم به نفس باشد. روح به معنای جوهر بسیط نیز اگرچه قائم به نفس است، همواره برای افعال خود به بدن نیاز دارد و باید همراه بدن باشد.^۱ از این رو، اگر قرار باشد ارواح قبل از ابدان دنیوی وجود داشته باشند، باید تصور کرد که قبلاً در ابدانی غیر از این ابدان قرار داشتند؛ اما در این صورت، اگرچه اشکال نخست (روح عرضی نمی‌‌‌تواند قائم به نفس باشد) پیش نمی‌‌‌آید، اشکال دیگری رخ می‌‌‌نماید و آن لزوم تناسخ است که در ادامه آن را مطرح خواهیم کرد.

سید مرتضی در مقام معرفی مکلف، مکلف را همان «حی» زنده می‌‌‌داند که در اینجا مقصود از آن انسان است، اگرچه موجودات حی دیگری نیز وجود دارند. وی حی را همین مجموعه اعضای محسوس می‌‌‌داند، نه بخش‌‌‌هایی از آن (هو هذه الجملة التی نشاهدها دون أبعاضها). او قول نوبختیان و شیخ مفید را باطل می‌‌‌داند؛^۲ آنان انسان و حی را موجودی می‌‌‌دانستند که نه جوهر متحیز است، نه عرض و حالّ در این مجموعه محسوس. وی همچنین سخن فلاسفه که نفس انسان را جوهر بسیط می‌‌‌دانند را بی‌‌‌معنا و فاسد می‌‌‌داند.^۳