با اين حال ، مشكلات شيعيان از اين بابت پايان نيافت و در دوره خلافت مقتدر عبّاسى نيز كه به گونه‏اى دوره رشد فعّاليت‏هاى سياسى شيعيان و نفوذ آنان در دستگاه حكومتى بود، ادامه يافت و گرفتارى‏هايى را براى شيعيان رقم زد. در خلافت مقتدر، يادآور شديم كه دوران طولانى خلافت او به سبب ضعف خليفه‏گرى‏اش ، دوران قدرت گرفتن گروه‏هاى متفاوت در بدنه حاكميت عبّاسى بود ، به گونه‏اى كه گاه ، خاندان بنى فرات - كه شيعه بودند - قدرتى افزون مى‏يافتند و گاه ، مخالفان آنها كه مخالف شيعه بودند ، در بدنه اجرايى ، نفوذ بيشترى مى‏يافتند. تلاش‏هاى حسين بن روح نوبختى - نايب سوم امام - در رعايت تقيّه و پرهيز از ايجاد حساسيت در حكومت و عدم تحريك عاملان دولتى عليه شيعه ، كارساز نشد ، چنان كه خود او به اتّهام همكارى با قرمطيان ، دستگير و براى مدّتى زندانى شد. هم‏زمان ، ابو الحسن بن فرات كوفى ، وزير شيعى مقتدر و فرزندش ، پس از سه دوره وزارت ، به همين اتّهام ، گرفتار شدند و به قتل رسيدند.^۱ اگر چه دستگيرى و قتل اين افراد ، بيشتر به سبب شيعه بودن و نفوذ سياسى آنان در حكومت بود ، ولى بهانه لازم براى اين كار را فعّاليت‏هاى افراطى قرمطيان فراهم كرد.

شيعيان در شهرهاى اسلامى ، در موقعيت‏هاى شغلى مختلف فعّاليت داشتند. بجز مشاغل عمومى مانند : تجارت، داد و ستد، كارهاى توليدى و خدماتى، شمارى از شيعيان در امور فرهنگى مانند معلّمى و مؤدّبى (معلّمان خصوصى اميرزادگان و بزرگان زادگان) و ورّاقى (كتاب‏فروشى) خدمت مى‏كردند. اين نكته نيز حائز اهمّيت است كه برخى از آنان توانسته بودند به دستگاه ادارى حكومت عبّاسى نيز وارد و در مشاغل سازمانى و اجرايى ، مشغول به كار شوند. اين امر در دوره غيبت صغرا و به سبب نفوذ بيشتر رجال شيعى در حكومت عبّاسى ، نمود بيشترى دارد.

بسيار به قتل رساندند.^۱
ظاهراً در اين دوره، على رغم رعايت تقيّه و تلاش‏هاى پنهانى شيعيان، حكومت نسبت به وجود فرزندى براى امام يازدهم مشكوك شده بود ، چنان كه به دستور معتضد ، جمعى از شيعيان و وكيلان امام را دستگير و زندانى كردند. او همچنين گروهى از سربازان خاصّ خود را مأمور كرد تا به سامرّا رفته ، خانه سابق امام يازدهم را بازرسى كنند و هر كس را در آن جا يافتند ، به قتل برسانند.^۲
يكى از مشكلات شيعيان در اين دوره كه موجبات سختگيرى‏هاى بيشتر حكومت را فراهم مى‏ساخت ، رويدادهاى سياسى و به طور خاص ، قيام‏ها بودند كه از سوى فرقه‏هاى ديگر منسوب به شيعه برپا مى‏شدند و ناخواسته حكومت را به كلّ جامعه شيعه بدگمان مى‏كردند. از اين موارد به طور خاص مى‏توان به قرمطيان - كه شاخه‏اى از اسماعيليّه به شمار مى‏رفتند - اشاره كرد كه حركت‏هاى تندروانه‏اى در كوفه و عراق آغاز كرده بودند و به تدريج ، دامنه آن به بحرين و سوريه نيز كشيده شد و اگر چه اقدامات آنان بر خلاف رويّه معمول سياسى شيعه بود ، ولى گرفتارى‏هايى را براى شيعيان به همراه داشت. از اين رو لازم بود تا موضع شيعيان در باره اين فرقه‏ها و اقداماتشان روشن و اظهار گردد. شايد بيزارى امام مهدى عليه السلام در يكى از توقيعات خود از ابو الخطّاب و اصحاب و پيروان و عقايد او و نيز بيزارى از همنشينى با آنان ، اشاره به همين افراطگرايى مذهبى باشد.^۳ علماى شيعه نيز در همين جهت در حركتى علمى ، به تأليف كتاب‏هايى در ردّ عقايد غاليان و اسماعيليان و قرامطه پرداخته‏اند .^۴