(نيابت فقيه از امام غايب)، تلاش‏هايشان براى شبهه‏افكنى بيشتر هم شده است؛ به گونه‏اى كه برخى از آنان با تصريح به اين كه مبناى ولايت فقيه عقيده به امامت امام غايب است، درصدد تخريب اين زيربنا برآمده‏اند.^۱
به همين دليل پاسخگويى به پرسش‏ها و نقد و رد شبهه‏هاى مرتبط با موضوع مهدويّت از جايگاه ويژه‏اى برخوردار است. كوشيده‏ايم در مباحث مختلف به شبهات مربوط به آن بحث پاسخ دهيم، و افزون بر اين، در پايان برخى از بخش‏ها فصل خاصى را هم با عنوان «پاسخ چند پرسش» براى پاسخگويى به پرسش‏ها و شبهات باقى‏مانده اختصاص داده‏ايم.

۱۱ . ارائه گزيده‏اى از سروده‏هاى مهدوى در پانزده قرن‏

يكى ديگر از ويژگى‏هاى دانش‏نامه امام مهدى عليه السلام ، گردآورى گزيده‏اى از اشعار سروده شده از صدر اسلام تا عصر حاضر و توسط اديبان تازى و پارسى در باره امام مهدى عليه السلام است. اين دل‏نوشته‏ها، علاوه بر اين كه شور، احساس و عشق ارادتمندان حضرت مهدى را در طول پانزده قرن پيشِ روى خواننده مى‏نهد، دليل روشن ديگرى است كه ثابت مى‏كند عقيده مهدويّت و انتظار ظهور امام مهدى عليه السلام ، حتّى پيش از ولادتش در جامعه اسلامى مطرح بوده و تا امروز همچنان پايدار مانده است.

۱۲ . تنظيم منطقى و آسان‏ياب‏

در اين دانش‏نامه نيز، مانند دانش‏نامه اميرالمؤمنين عليه السلام و دانش‏نامه امام حسين عليه السلام ، عناوين، گزارش‏ها و تحليل‏ها، با نظمى خاص از كلّى به جزئى ساماندهى شده‏اند؛ به گونه‏اى كه پژوهشگر با نگاهى گذرا، علاوه بر اين كه در جريان كلى مطالب كتاب قرار مى‏گيرد، در كوتاه‏ترين زمان ممكن و به سادگى مى‏تواند مطلب مورد نظر خود را از طريق فهرست تفصيلى بيابد.

۸ . تبيين عقايد ديگران در باره منجى‏

يكى از ويژگى‏هاى اين دانش‏نامه اين است كه افزون بر تبيين عقيده شيعيان در باره منجى، كه موضوع اصلى آن است، عقايد ديگر فرقه‏هاى اسلامى و حتّى ديگر اديان را نيز گزارش مى‏كند. بدين منظور اين كتاب با سه گزارش مستند در باره «منجى موعود از نگاه عهدين»، «منجى موعود از نگاه اديان غير ابراهيمى»، و «منجى موعود از نگاه اهل سنت» تحت عنوان «درآمد» آغاز مى‏شود.
به باور ما ، اعتقاد پيروان همه اديان بزرگ به ظهور منجى در آخر الزمان، مى‏تواند نشانه فطرى بودن اين باور باشد . به علاوه ، درستى پيشگويى انبياى پيشين از حاكميت يافتن ارزش‏هاى انسانى، و در رأس آنها عدالت، در آخرالزمان است. اين حقيقت، مسئوليت پيروان اهل بيت عليهم السلام را در زمينه تلاش براى آشنا ساختن مردم جهان با منجى حقيقى دوچندان مى‏كند.

۹ . جمع‏بندى و تحليل گزارش‏هاى متعارض‏

شمارى‏از گزارش‏هاى مرتبط با موضوع‏مهدويّت، به حَسَب ظاهر، با هم ناسازگارند؛ مثلاً برخى احاديث گوياى آن‏اند كه اگر كسى امام زمان خود را نشناسد، جاهل و گمراه است؛ امّا برخى ديگر مى‏گويند چنين شخصى جاهل و گمراه و كافر است. تعارض ادله در رابطه با هر قيامى قبل از قيام امام مهدى عليه السلام نيز از همين قبيل است.
جمع‏بندى و تحليل اين گونه احاديث در دانش‏نامه، خواننده را با قواعد «فقه الحديث (مفهوم‏شناسى حديث)» و روش‏هاى فهم مقصود از نقل‏هاى مختلف ، آشنا مى‏سازد.

۱۰ . پاسخگويى به پرسش‏ها و شبهه‏ها

با توجّه به ويژگى‏هاى امامتِ امام غايب، معتقدان به امام‏مهدى عليه السلام بويژه نسل‏جوان، پرسش‏هايى دارند كه پاسخگويى به آنها براى تحكيم اين باور ضرورى است. همچنين مخالفان اين باور از ديرباز شبهاتى را مطرح كرده‏اند و پس از پيروزى انقلاب اسلامى و استقرار جمهورى اسلامى در ايران برپايه نظريه ولايت فقيه