۲. التنظيم
تنظّم المعلومات التي تمّ جمعها في مرحلتين، حيث يقوم الباحث المساعد في المرحلة الاُولى بتصنيف النصوص المتعلّقة بكلّ موضوع حسب ذوقه، ويقدّمها إلى المؤلّف لتنظيمها بشكل أوّلي. وبعد أن ينظّم المؤلف هذه النصوص، يذكّر بما هو ضروري لإكمال العمل ويعيدها من جديد إلى الباحث المساعد.
وبعد تكميل النواقص - و قد يستغرق عدّة أشهر - يعاد الموضوع الخاضع للدراسة إلى المؤلّف من جديد، ويتمّ التنظيم النهائي في ضوء المستجدّات، فيتعزّز التنظيم الأوّلي ويتمّ إكماله أحياناً، و يتغيّر جذريّاً أحياناً أخرى.
۳. النقد
وإذا وجد نقص بعد التنظيم الثاني، فسوف يقوم الباحث المساعد برفعه من جديد و ربّما تكرّرت هذه العمليّة عدّة مرّات ، ثمّ تُحال حصيلة العمل إلى خبير أو خبيرين للنقد والتقييم، ويتمّ نقد النصّ طبقاً للتعليمات الواردة في المنهج المتَّبع، وتجري بعض الإصلاحات والتعديلات بعده إذا ما استلزم الأمر.
۴. تخريج النصوص واختيارها
من المراحل المهمّة لتدوين النصوص الروائية في هذه المؤسّسة تخريج هذه النصوص، وفي هذه المرحلة يقوم باحث آخر بالبحث في المصادر عن طريق البرامج الكومبيوترية، ثم يختار أكثر المصادر شمولية واعتباراً وقدماً وينظّمها على أساس ذلك، وإذا ما تمّ العثور على نصٍّ أكثر قيمة فإنه يحل محلّ النصّ الأصلي وتحذف الروايات المكرّرة، إلّا في المواضع التالية:
أ - وجود ملاحظة مهمّة في النصّ الجديد.
ب - الاختلاف اللفظي في النصوص التي نقلت عن طريق الشيعة وأهل السنة.
ج - الحاجة إلى تكرار الرواية في عدّة أبواب، شريطة أن يكون نصّها قصيراً.
