در کتاب روش‌شناسی استنباط در علم کلام، همۀ مباحث استنباط و دفاع از آموزه ‏های اعتقادی، به فراخور هدف کتاب، مباحث مهم، اصلی و تأثیرگذار در استنباط به صورت جزئی و مفصّل‏تر ارائه شده است.
نوشتار حاضر در سه فصل تدوین شده است:
در فصل اوّل، برخی از مبانی مهمّ استنباط در پنج گفتار تبیین شده است.
در گفتار اوّل، به مفهوم‌شناسی معرفت، معرفت دینی و معرفت اعتقادی پرداخته شده تا تصوّر واضحی از این اصطلاحات، برای مخاطب پدید آید.
در گفتار دوم، مؤلّفه‏ های معرفت نقلی اعتقادی مورد بحث واقع شده است. یکی از مهم‌ترین دست‌آوردهای این گفتار، تبیین، تقریر و تثبیت نظریۀ «وثاقت‏گرایی» در مؤلّفۀ توجیه معرفت نقلی اعتقادی است؛ امری که در نوشته‏ های معرفت‌شناختی، کم‌تر مورد اشاره واقع شده و یا تمایل چندانی به آن نشان داده نشده است.
در گفتار سوم، به این سؤال پاسخ داده شده که: مقصود اصلی در اعتقادات چیست؟
در گفتار چهارم، به نخستین واجب اعتقادی پرداخته می‌شود.
در گفتار پنجم از فصل اوّل، تعریف اصول دین، ملاک و تعداد آن تبیین شده است؛ مطلبی که در کتاب‌های مختلف کلامی، به آن پرداخته شده است و در این گفتار علاوه بر استفاده از آن‌ها و تجمیع آرا، سعی شد دیدگاه‌های مختلف دربارۀ تعداد اصول دین، از نظر متکلّمان بیان شود و در این زمینه، سیزده نظریه استخراج گردید.
در فصل دوم، به روش عقلی در استنباط کلامی که شامل سه گفتار است پرداخته شده است.
در گفتار اوّل از این فصل، به کاربست عقل نظری در استنباط کلامی اشاره گردید.
درگفتار دوم، به کاربست عقل عملی در استنباط کلامی اختصاص یافته است که سخن دربارۀ آن، همانند عقل نظری است که چگونه و با چه شیوه‏ ها و قواعدی باید از عقل عملی در استنباط بهره برد؟
در گفتار سوم، به کاربست عقل ابزاری در روش نقلیِ علم کلام اشاره شده است.
در فصل سوم از کتاب، ضمن ارائه هشت گفتار، به روش نقلی در استنباط کلامی پرداخته می شود.
در گفتار اوّل، به حجّیت ادلّۀ نقلی اعتقادی پرداخته و از ارتباط ادلّۀ نقلی با منابع مختلف معرفت، و معرفت‌زا بودن یا نبودنِ آن‌ها سخن به میان آمده است.
در گفتار دوم، به اعتبار ظنون در اعتقادات پرداخته شد. در این گفتار علاوه بر جامع‌نگری، سعی بر آن شد تا از رویکرد معرفت‌شناختی برای نتیجه‌گیریِ بهتر استفاده شود. در این گفتار، ده دلیل از ادلّۀ منکران حجّیت ظنون اعتقادی مطرح و نقد شده و سه دلیل بر اثبات حجّیت ظنون اعتقادی اقامه گردیده است.
در گفتار سوم، به تقلید در اعتقادات اختصاص دارد و سه نظر: وجوب تقلید، حرمت تقلید و جواز تقلید، با ادلّۀ آن‌ها بررسی و در نهایت، جواز تقلید پذیرفته شده است.
در گفتار چهارم، به کارکرد تعبّدیِ وحی اشاره شده است که مهم‌ترین چالش فرا روی آن، رخ دادنِ دور است. البته در نهایت، کارکرد تعبّدیِ وحی در اعتقادات، سالم از اشکال دانسته شد.
در گفتار پنجم، به کارکرد اثاره‏ای وحی اشاره می شود و این‌که وحی، به چه شیوه ‏هایی عقل را اثاره می‏نماید؟ منظور از اثاره، شکوفا ساختن عقل و برانگیختن معارفِ مکنون در نهاد انسان است.
در گفتار ششم، به بررسی کارکرد تذکّری وحی می پردازد. در مورد فطرت و معرفت فطری و عالم ذرّ، بحث‏ های بسیار و مفصّلی صورت گرفته است؛ ولی در این میان، به نقش وحی در تذکّر به معرفت فطری و شیوه ‏های تذکّر، کم‌تر پرداخته شده است.
در گفتار هفتم‏، گونه ‏های مختلف ادلّۀ نقلی مورد اشاره قرار می گیرد