ازآنجاکه شیعیان افراطی مدعی‌اند که تحریرِ اصلیِ دست‌کم برخی از آیات قرآن را می‌دانند، می‌توان توقع داشت که آنها آن تحریر از آیات را در رونوشت‌هایشان از قرآن گنجانده باشند؛ اما آنها چنین نکرده‌اند. تحریرهای «صحیحِ» آیات در آثار تفسیری و حدیثی شیعه نقل شده، اما بسیار به‌ندرت در نمازهای جماعت قرائت می‌شوند. متون شیعی دو گونه حدیث متناقض را به دست ما رسانده‌اند: در برخی از آنها، یکی از اصحاب امام [[آیه‌ای را]] طبق قرائت رسمی می‌خواند، ولی امام با خواندن تحریرِ شیعیِ آیه آن را تصحیح می‌کند؛ در برخی دیگر، این صحابی است که تحریرِ شیعیِ [[آیه‌ای]] را قرائت می‌کند، ولی امام به وی می‌گوید که [[آیه را]] طبق قرائت رسمی بخواند.^۱

در عین حال این باور که مصحف عثمانی دقیقا همان وحی اصیل نیست، باور مشترک همه شیعیان نبود؛ خصوصاً از قرن پنجم/یازدهم به‌بعد، نگرش‌های معتدل‌تری غلبه یافت و رایج شد. همان گونه که از دو عبارت کلیدی به دست می‌آید، شَیخ مُفید (د. ۴۱۳/۱۰۲۲)، عالم بزرگ شیعی، از نخستین نمایندگان این گرایش است. عبارت نخست به موضع افراطی نزدیک‌تر است، از این حیث که تلویحا می‌گوید در واقع ممکن است که قرائات شیعی تشکیل‌دهنده بخشی از متن اصلی بوده باشند. اما مفید تمایلی ندارد که بر این قرائات همان مهر اعتباری را بزند که متن رسمی از آن بهره‌مند است. به استدلالِ وی جایز نیست قرآن بر اساس این قرائات تلاوت شود، زیرا این قرائات را ناقلان منفرد ثبت کرده‌اند‌ و [[چون اینها خبر واحد محسوب می‌شوند]] احتمال راه یافتن خطا در آنها هست. مفید توجیه دومی را نیز بیان می‌کند (که گاهی از جانب افراطی‌ها هم مطرح می‌شود): لازمه تلاوت علنی این قرائت‌ها شعله‌ور ساختن خشم سُنّیان تا سر حدِّ به خطر افتادن جان شیعیان است؛ و رفتاری با این ماهیت و شبیه به خودکشی، مجاز نیست.^۲

برخی عالمان شیعی، خصوصاً در قرن سوم/نهم و اوایل قرن چهارم/دهم، رویکردی افراطی در پیش گرفتند. از نظر آنها، برخی از اصحاب برجسته توطئه کردند تا علی[[ع]] و خانواده پیامبر[[ص]] را از حقشان برای رهبری امت اسلامی پس از درگذشت محمد[[ص]] محروم کنند. بخشی از این توطئه، تلاشی هماهنگ برای حذف تمامی اشارات قرآن به جایگاه علی[[ع]] به عنوان جانشین پیامبر[[ص]] بود. متهم اصلی عثمان خلیفه سوم بود که دستور داد نسخه‌ای متفاوت از قرآن که همه اشارات به حقوق علی[[ع]] از آن حذف شده بود، جای تمامی رونوشت‌های موجود را بگیرد. همین مصحف عثمانی بود که اعتراض شیعیان افراطی را برانگیخت.

مدعای اصلی اینان این است که این مصحف مشتمل بر تمام وحی اصلی نیست، و دست‌کم برخی از مطالبِ از دست رفته را باید در احادیث امامان یافت. همان گونه که از این احادیث به دست می‌آید، افزوده‌ها یا تغییراتِ عنوان‌شده از جانب شیعیانِ افراطی کاملاً ناچیز بوده، صرفاً شامل دستکاری یا افزایش برخی واژگان کلیدی خاص است. معروف‌ترین مورد دستکاری عبارت است از جایگزینی کلمه اُمَّة (به معنی ملت، جامعه) در مصحف عثمانی با کلمه ائِمَّة (امامان)؛ در رسم‌الخط عربی، این دستکاری صرفاً مستلزم تغییری بسیار جزئی است. ازاین‌رو، آیه ”شما بهترين امتى هستيد كه تا کنون براى مردمان پديدار شده" [[کنتم خیر اُمّةٍ اخرجت للناس]] (آل‌عمران۳: ۱۱۰) به این صورت درمی‌آید: ”شما بهترین امامان هستید" [[کنتم خیر أئِمَّةٍ اخرجت للناس]]. رایج‌ترین گونه افزوده‌ها با نام علی[[ع]] ساخته می‌شوند، چنان‌که در این آیه می‌بینیم: ”ليكن خدا گواهى مى‏دهد بدانچه سوى تو فرو فرستاد درباره علی" [[لکن الله یشهد بما انزل الیک فی علی]] (نساء۴: ۱۶۶)، که در آن دو کلمه آخر ( في عَلي) در مصحف عثمانی به چشم نمی‌خورند.^۱