سال ۱۸۹۹، رساله دکتری خود را در دانشگاه هایدلبرگ، با عنوان نسخه خطی مناقب عمر بنعبدالعزیز نوشته ابنجوزی۱ به پایان برساند.
بیکر پس از دوران دانشجویی سفر به شرق و کسب آگاهی از این مناطق را آغاز کرد؛ سفرهایی که تأثیر زیادی بر شناخت او از اسلام و شرق داشت. وی در نخستین سفر خود ابتدا به پاریس و از آنجا به اسپانیا رفت و در کتابخانه اسکوریال، که به داشتن نسخههای خطی کمیاب شهرت داشت، مطالعات استشراقی خود را آغاز کرد. اسپانیا را به مقصد قاهره ترک کرد و مدتی نیز به سودان رفت. در این مدت او با زندگی عربی بهشدت انس گرفت و زبان عربی را بهخوبی آموخت. در سفر دوم به مصر با متفکر مصری، محمد عبده، آشنا شد. این سفرها و مشاهدات بیکر تأثیر زیادی بر مطالعات استشراقی او گذاشت. وی در مسیر استشراق همچنین از دانش بسیار، گستردگی اطلاعات برخوردار بود و آثار مستشرقان بزرگ را نیز بررسی میکرد. او بسیار تحت تأثیر دولت عربی و سقوط آن نوشته ولهاوزن قرار گرفت.۲ بیشترین تأثیر در مطالعات دینی را نیز گلدزیهر و اسنوک هُرگرونیه، که در مذاهب اسلامی و شریعت محمدی تخصص داشتند، بر وی گذاشتند.
بیکر در سال ۱۹۰۸ در ایجاد انجمنی در شهر هامبورگ برای ساماندهی به برنامههای مستعمرات آلمان مشارکت کرد و پس از مدتی به ریاست این انجمن رسید. در طول فعالیت در این انجمن، گروههایی برای مطالعات مسائل شرق، تاریخ تمدن و زبانهای شرقی ایجاد کرد و با این نوع مطالعات و بررسیها در ترسیم سیاست استعماری آلمان همکاری کرد.
تلاشهای علمی بیکر تحت تأثیر فعالیتهای استعماری او بود؛ از این رو برای مسائل سیاسی و اقتصادی اسلام معاصر اهمیت فراوانی قائل بود و کتابهایی در