مستشرقان تمدن اسلامی را بر اساس روش تاریخی مطالعه و تحلیل کردند و تاریخ‌نگاری آنان از اسلام و متفکرانش بر اساس روش عقلی غربی انجام گرفت. از این رو، هنگامی که از پیامبر سخن می‌گویند او را تاجری مرفه، دعوت پیامبر را حرکتی در برابر اشراف‌سالاری قریش، و جهاد و نبردهای حضرت را دارای هدف سیاسی و تلاش برای تسلط بر جزیرة‌العرب می‌دانند. دانشمندان و متفکران اسلامی، مانند ابن‌سینا، غزالی و ابن‌رشد را، چنان‌که در غرب مرسوم است، صاحبان مکتب به شمار می‌آورند و از مکاتب رشدیه، سینویه، غزالیه و اشعریه نام می‌برند؛ درحالی که چنین تقسیمی از لحاظ تاریخی و علمی صحیح نیست.
استفاده از روش تاریخی برای دست‌یابی به بیشترین شناخت و اطلاعات از موضوع تحقیق است و محقق باید هر پدیده علمی (پدیده‌های فکری اسلامی) را بر اساس ریشه‌ها و اصول آن (قرآن و سنت) بررسی کند تا شناختی از چگونگی شکل‌گیری آن به دست آورد؛ در غیر این صورت فقط تطوری تاریخی مد نظر او بوده، تلاشش جز تکرار بیهوده تاریخ نیست.۱ روش تاریخی درباره استشراق، که برای شناخت هرچه بیشتر شرق و زمینه‌سازی برای استعمار این مناطق شکل گرفته است، نیز به نتایج علمی حقیقی منجر نمی‌شود؛ زیرا این روش در خدمت اغراض و اهدافی درآمده که هیچ ارتباطی با واقع‌گرایی علمی ندارد.
روش تاریخی در اروپا برای مطالعه مسیحیت به کار گرفته شد؛ زیرا مسیحیت در محیطی دینی شکل گرفت و متون دینی آن از عوامل خارجی، مثل فرهنگ بابلی، آشوری و گنوسی تأثیر پذیرفت. این روش به محقق اجازه می‌دهد که عناصر اصلی را که به تکوین مسیحیت کمک کرده‌اند، کشف کند؛ اما تطبیق این روش بر موضوعات اسلامی - که موضوعاتی ذهنی هستند، نه تاریخی - نتایجی ناصحیح به دست می‌دهد.۲ به کاربردن این روش منجر به انکار نبوت پیامبر و صدق وحی الاهی
