سوق می‌دهد که نتایجشان با آنچه در نظر ما بالضروره روشن است و آنچه ایمان و تسلیم به آن واجب است، منطبق نیست. برای مثال نمی‌توان روش شک دکارتی را در تفسیر اصول اسلامی، وحی، نبوت و تفسیر برخی معجزات انبیا به کار برد، ولی مستشرقان این روش را به کار برده‌اند و نتیجه‌ای که گرفته‌اند مخالف آنی است که ما معتقدیم و صحتش را باور داریم. برخی از دیگر عواملی که مستشرقان را به سوی به‌کار‌گیری روش‌های علمی‌ای می‌کشاند که در عرصه مطالعات اسلامی نتایج علمی حقیقی ندارند، عبارت‌اند از:
- بسیاری از مستشرقان در موضوعی مشخص از مسائل تمدن اسلامی تخصص ندارند. آنان پس از بحث عمیق در تاریخ عمومی یا تاریخ یکی از علوم، مانند زبان، ادبیات و فقه، و در چارچوب تمدن‌های کهن سامی یا زبان‌های شرقی به تمدن اسلامی می‌رسند و به نتایج علمی صرفی دست می‌یابند که صحیح نیستند؛ زیرا در اثر خَلط موضوع، احکامی عام بر تمدن اسلامی بار كرده‌اند و ویژگی‌ها، اندیشه‌ها و آموزه‌های خاص این تمدن غافل شده‌اند.
- مستشرقان تحت تربیت اروپایی قرار گرفته‌اند و از روش‌های اروپاییان برای بررسی تمدن‌ها و اندیشه‌های انسانی استفاده می‌کنند. این روش هر امری را که مربوط به قدیم باشد رد می‌کند و به آن اعتماد نمی‌کند. به این ترتیب مستشرقان ایمان مطلق به عقل بشری را جایگزین تمام مصادر معرفتی گذشته، مانند وحی، دین و حدس کردند. به نظر آنان انسان با اندیشه و تلاش و بدون تکیه بر مصادر پیشینی می‌تواند به حقیقت دست یابد.۱
- آگوست کنت اساس پوزیتیویسم را ایجاد کرد و این نگاه گسترش یافت و بر متفکران غربی تأثیر گذاشت. در این نگاه محققان با اعتماد بر مطالعات علمی محض به تفسیر اندیشه‌های انسانی اقدام می‌کنند و در واقع از روش علوم تجربی
