در این سخن فقیهانه حجیت اجماع، اصل برائت و ظاهر قرآن پذیرفته شده است.
بر خلاف اخباریان که دسته‌بندی چهارگانه احادیث را منکرند، علامه مجلسی در بسیاری از کتابهای خویش از این روش استفاده کرده است. بدین‌گونه که او در شرح کتاب شریف کافی، بسیاری از متون آن را «ضعیف علی المشهور» خوانده است.
گفتنی است که اعتماد علامه مجلسی به کتب کهن، به ویژه کافی، بسیار زیاد است، با این همه وی در مرآة العقول (شرح كافی) و همچنین مَلاذُ الأَخیار (شرح تهذيب الأحکام) از مبنای فقیهان استفاده کرده است.
علامه مجلسی در مباحث اعتقادی به عقل فطری استناد می‌کند و به حُسْن و قبح ذاتی عقلی معتقد است. ایشان در بحث وحدت صانع، ادله عقلی را بر ادله نقلی مقدم کرده است.^۱ البته نمی‌توان علامه را عقل‌گرا ناميد، زيرا در موارد تعارض بین عقل و نقل، او جانب نقل را مقدم می‌دارد و بر دلایل عقلی اعتماد نمی‌کند. در اعتباریات شرعی نیز عقل را حجت نمی‌شمرد و امامان معصوم علیهم السلام را عقل کامل معرفی می‌کند و سخن آنان را حجت می‌داند. علامه عقول غیرمعصومان را عقل ناقص و فاقد حجیت مطلق می‌داند.^۲ به نظر ایشان، عقل در مرحله شناخت خدا و وحدانیت ذات باری تعالی و شناخت حجت کاربرد دارد. به باور علامه عقل پس از شناخت پیامبر و امامان علیهم السلام، به ناتوانی خود در فهم اعتبارات شرعی و آموزه‌های دینی اعتراف می‌کند و نظر آنان را بر خویش مقدم می‌دارد.^۳
ناهمگونی نظرات ایشان با فیلسوفان و متکلمان عقلی نیز مشهود و نمونه بارز آن در حاشیه‌های علامه‌ طباطبایی (رحمة الله عليه) بر مجلدات اول کتاب بحار الأنوار نمایان است.
بنابراین، در ارتباط با عقل و نقل، نظرات علامه مجلسی به اخباریان نزدیک‌تر است، اگرچه با آن مطابقت تام ندارد؛^۴ يعنی، به گونه‌ای اجمالی، حجيّت عقل را می‌پذيرد، ولی محدوده کاربرد آن را بسيار كم می‌شمرد.

ایشان آشنایی با علم اصول را از مقدمات اجتهاد ‌شمرده است^۱ و در صدد بوده تا رساله‌ای در علم اصول تألیف کند و آن را در جلد بیست و پنجم بحار الأنوار بیاورد.^۲
علامه مجلسی اجماع را حجّت می‌شمرد و بدان احتجاج می‌کند.^۳ مقصود از اجماع در سخن ایشان، اجماع دخولی^۴ است که موارد آن محدود است.
ایشان ظواهر قرآن را حجت می‌داند و تمامی ابواب فقهی و غیرفقهی بحار الأنوار را با آیات قرآن آغاز می‌کند. استناد به آیات قرآن در بحار الأنوار آن مقدار گسترده است که می‌توان این کتاب را نوعی موضوع‌بندی آیات قرآن به شمار آورد.
اخباریان اعتقاد داشتند که در موارد شبهه‌ ‌باید احتیاط کرد و دلیلی بر اصل برائت وجود ندارد. اما علامه مجلسی در این زمینه با آنان مخالف و همسان با اصولیان قائل به اِباحه و حلیّت است.^۵
سخنی از علامه مجلسی در تفسیر آیه (وَلِلَّهِ الْمَشْرِقُ وَالْمَغْرِبُ فَأَيْنَمَا تُوَلُّوا فَثَمَّ وَجْهُ اللَّهِ)^۶ در دست است که شاهد زیبایی بر تفکر اصولی ایشان، به ویژه در موارد پیش‌گفته، است. ایشان می‌نویسد:
آيه به شكل عام و مطلق خود بر جواز نماز بر غير قبله دلالت می‌كند و صحت نمازی را كه بر غیر قبله انجام شود، تأیید می‌کند، در حالی كه نسخ آيه نيز معلوم نيست. پس مواردی كه با يكی از دلایل اجماع يا جز آن از حكم جواز آيه خارج شود، پذیرفته است و ديگر موارد در حكم آيه داخل است.
اما آيه قبله، که بعد از این خواهد آمد، [ (فَلَنُوَلِّیَنَّکَ قِبْلَةً تَرْضاها فَوَلِّ وَجْهَکَ شَطْرَ الْمَسْجِدِ الْحَرامِ): بقره/ ۱۴۴] در بسياری از احكام با اين آيه در تضاد است و آیه اول با اصل برائت تأیید می‌شود. بنابراین، تا زمانی که دلیل دیگری چون اجماع یا نص در آن مورد نیاید، عمل به آیه‌ اول لازم است^۷.