باید توجه داشت که ظاهر برخی تعابیر صدوق رد برخی دلایل عقلی است؛ اما با دقت در کلمات او روشن می‏شود که آنچه وی رد کرده، قیاس (تمثیل منطقی) و دلایل ظنی و غیر قطعی است نه دلیل عقلی قطعی. نمونه‏هایی از مخالفت شیخ صدوق با قیاس و دلایل ظنی به شرح ذیل است:

۱. صدوق در بحث اثبات عصمت امامان از راه لزوم تفسیر و تأویل آیات قرآن توسط فردی عاری از خطا و گناه وارد می‏شود و می‏گوید: اگر چنین نباشد، آن‏گاه هر کسی می‏تواند بر اساس تفسیر و تأویل خود و قیاس‏هایی که انجام می‏دهد، عمل کند و این امر دامنه اباحی‏گری را افزایش می‏دهد و باز اگر چنین شود، خروج از دین است:

و اذا اباحنا ذلک فی الکتاب لزمه ان یبیحنا ذلک فی اصول الحلال و الحرام و مقائیس العقول و ذلک خروج من الدین کله.^۱

۲. شیخ صدوق در نقل داستان معمّرین و مقایسه طول عمر ایشان با طول عمر همراه با غیبت امام زمانعلیه السلام به نکته‏ای مهم اشاره می‏کند و آن، ادعای برخی در مخالفت حدیث با عقل است. او به مخالفان عقیده به غیبت امام زمانعلیه السلام اعتراض می‏کند که چطور اخبار وارد شده درباره طول عمر حضرت خضرعلیه السلام را انکار نمی‏کنید و مخالف عقل نمی‏شمرید، ولی اخبار غیبت و طول عمر امام زمانعلیه السلام را انکار کرده، مخالف عقل می‏شمارید و اگر واقعاً از عقل بهره بهینه می‏بردید، غیبت امام زمان را تأیید می‏کردید. او می‏گوید:

انّ اکثر المخالفین یسلمون لنا حدیث الخضرعلیه السلام و یعتقدون فیه أنّه فی غائب عن الابصار و لاینکرون طول حیاته و لا یحلمون حدیثه علی عقولهم و یدفعون کون القائمعلیه السلام و طول حیاته فی غیبته.^۲

بنابراین، مخالفت صدوق با عنوان درک عقل و عدم آن در این جایگاه با فعالیت عقلی‏ای از سنخ قیاس است که طول عمر خود و دیگران را با طول عمر امام زمانعلیه السلام مقایسه می‏کنند و چون عقلشان آن را نمی‏پذیرد، آن را محال می‏شمرند.

او در جایی دیگر به همین نکته اشاره و نپذیرفتن عقلی طول عمر را از طرف مخالفان بیان می‏کند و آن را از نوع قیاس می‏داند. او اشکال مخالفان را چنین نقل می‏کند:

وی درباره تخصیص گزاره عام عقلی با نقل نیز چنین عمل کرده است. در بحث لزوم بعثت انبیا دریافت عقل را این گونه بیان می‏دارد که عقل حکم می‏کند در تمام زمان‏ها پیامبری از سوی خدا برای هدایت مردم ارسال گردد. اما با وجود گزاره نقلی مبنی بر خاتمیت نبوت با ارسال پیامبر اعظم حضرت محمدصلی الله علیه و آله و پایان سلسله نبوت و آغاز وصایت، این گزاره عقلی عمومیت خود را از دست می‏دهد. وی می‏گوید:

لولا أنّ القرآن نزل بأنّ محمدصلی الله علیه و آله خاتم الانبیاء لوجب کون رسول فی کل وقت.^۱

بنابراین، روش شیخ صدوق در رویارویی با مواردی که میان دلیل‏های عقلی و نقلی تعارض ابتدایی و ظاهری وجود دارد این است که او میان این دو دلیل به‏گونه‏ای جمع می‏کند و محلی برای حل تعارض می‏یابد. حال اگر نوع تعارض میان گزاره‏های نقلی و عقلی از نوع ابتدایی و ظاهری و به هیچ شکلی قابل حل و جمع نباشد ـ به دیگر بیان اگر تعارض مستقر شده و رابطه میان آنها از نوع تباین باشد ـ نحوه برخورد با این دو گزاره به‏گونه‏ای دیگر رقم می‏خورد و باید چاره‏ای دیگر برای حل این تعارض جست.

شیخ صدوق در این گونه موارد دست به تأویل ظاهر متن قرآن و حدیث می‏زند و معنایی غیر از ظاهر آن را اختیار می‏کند. نمونه‏های بسیاری از تأویلات وی در لابه‏لای نوشته‏هایش یافت می‏شود.

برای نمونه، او در پیِ حدیثی که درباره حجاب‏های هفتگانه نقل می‏کند، حجاب‏هایی را که برای خداوند برشمرده شده است، این گونه معنا می‏کند:

لیست هذه الحجب مضروبة علی اللّٰه عزوجل، لانّه لایوصف بمکان و لکنّها مضروبة علی العظمة العلیا من خلقه التی لایقادر قدرها غیره تبارک و تعالی.^۲

وی به دلیل آنکه پرده و حجاب داشتن خداوند را مستلزم مکان داشتن وی می‏داند و عقل حکم می‏کند که لازمه مکان داشتن، جسم بودن است، این روایت را به تأویل می‏بَرَد و در جایی که در روایت از وجه اللّٰه سخن به میان آمده است، می‏گوید:

من وصف اللّٰه تعالی ذکره بالوجه فقد کفر و أشرک و وجهه انبیاؤه و حججهعلیهم السلام و هم الذین یتوجه بهم العباد الی اللّٰه عزوجل و الی معرفته و معرفة دینه....^۳