در بحث ماهیت این روح مادی نیز میان سید و ابن ‏راوندی اختلاف هست. سید، مانند معتزله،^۱ روح را جسم می‏دانست و نه عَرَض؛^۲ در مقابل، ابن راوندی روح را عَرَض می‏دانست و انسان را مجموعه‏ای از اعراض؛^۳ در واقع روح، جسم لطیفی است که سراسر بدن را پوشش داده است.^۴

نکته دیگر درباره روح اینکه آیا مرده پس از جدا شدن روح از بدن چیزى را احساس مى‏کند یا نه؟ در این مسئله هم سید مرتضی، مانند معتزلیان، معتقد بود مردگان تا روز قیامت هیچ چیزی را احساس نمی‏کنند و اساساً احساس از آنِ موجود زنده است؛^۵ ولی ابن ‏راوندی معتقد بود وقتی انسان از دنیا می‏رود بدن است که احساس می‏کند، و روح چون جزء اعراض است، از بین می‏رود.^۶

ثواب و عقاب: در بحث استحقاق ثواب و عقاب، در اینکه خاستگاه معرفتی این استحقاق عقل است یا شرع یا ترکیبی از هردو، اختلاف هست. سید مرتضی در این موضوع، نظری نزدیک به ابن ‏راوندی و در مقابلِ معتزلیان دارد. ابن ‏راوندی یگانه راه کشف این استحقاق را «شرع» می‏داند.^۷ سید هم همین نظر را دارد و معتقد است، عقل تنها تجویز استحقاق را اقتضا می‏کند. به عقیده وى، در اثبات استحقاق عقاب باید بر سمع و اجماع تکیه کرد؛^۸ ولی معتزلیان می‏گفتند تنها از طریق «عقل» استحقاق فهمیده می‏شود و شرع آن را تأکید می‏کند.^۹

امامت: بررسی گزارش‏های موجود در آثار سید نشان می‏دهد در این بحث بیشترین توجه را به ابن ‏راوندی داشته است. وی در کنار دفاع از ابن ‏راوندی در برابر اتهامات مخالفان، به نقد حاشیه‏ای پاره‏ای از آرای او در موضوع امامت نیز پرداخته است. سید در بحث نص می‏گوید: مخالفان امامیه مدعی شده‏اند نخستین کسی که مدعی نص جلی شد، ابن ‏راوندی بود؛ در حالی که این ادعایی بدون دلیل است. سپس به نقد آن می‏پردازد و می‏گوید: بر فرض هم که ابن ‏راوندی این را نخستین بار طرح کرده باشد، وی جلی بودن نصوص امامت را از خود این نصوص با دقت و نظر برداشت کرده است.^۱۰ قاضی عبدالجبار در بحث نص و تلازم آن با بحث عصمت، از قول برخی از امامیه گزارش

را کسب می‏کند؛^۱ در مقابل، سید مرتضی، مانند معتزله، برای انسان قائل به اختیار و استناد افعال به خود بندگان بود.^۲

حقیقت انسان: بررسی تطبیقی نظر ابن ‏راوندی و سید مرتضی در بحث حقیقت انسان نشان می‏دهد که اگرچه هر دوی آنها به مادی‏گرایان حقیقت انسان گرایش دارند، تفاوت‏هایی در لایه‏های مختلف نظریه آنان می‏توان مشاهده کرد. سید مرتضی،^۳ مانند اکثر معتزلیان،^۴ قائل به هیکل مشاهَد بود، ولی ابن ‏راوندی حقیقت انسان را جزئی می‏دانست که در قلب انسان است و آن روح نیست؛ روح در این بدن بی‏حرکت/ ساکن است؛^۵ یعنی در واقع، ابن ‏راوندی حقیقت انسانِ مختارِ مأموربه و منهی‏عنه را شیء واحدی می‏داند که در قلب جای دارد.^۶ هم از این روست که سید مرتضی نیز خود در الطرابلسیات الاولی به نقد این نظریه ابن ‏راوندی پرداخته است.^۷

نکته دیگر اینکه سید مرتضی بر نظریه خود این گونه استدلال می‏کند که ادراک انسان با اجزاى همین مجموعه‏ای که ما از انسان مشاهده می‏کنیم، حاصل مى‏شود و تألم و تلذذ تابع ادراک‌اند؛ در نتیجه، چون ادراک با اجزای همین مجموعه امکان‏پذیر است، می‏توان دریافت که حى فعال همین مجموعه است.^۸ در مقابل، ابن ‏راوندی معتقد بود در بدن ارواح زنده‏ای وجود دارد که احساسات و تألمات بدن به سبب آنها صورت می‏گیرد و همه قسمت‏های بدن دارای روح است؛ ولی تفاوتش با سید در این بود که ابن ‏راوندی روحِ قلب را متفاوت با روح اعضای دیگر می‏دانست. او می‏گفت همه بدن در تسخیر روح قلب قرار دارد و بدن هیچ اقدام یا امساکی نمی‌کند مگر بعد از اقدام یا امساک قلب.^۹ در واقع ابن ‏راوندی ـ بر خلاف نظر سید مرتضی ـ ارواح بدن را غیر «جسم مشاهَد» می‏دانسته است. البته در نگاه سید همان امری که در جسم مدرک تألم و تلذذ است، همان چیزی است که ابن ‏راوندی نام روح بر آن می‏گذارد.