اصالة الاباحه: در نظر شيخ بهايي آيه (إِنَّهُ لَقُرْآنٌ كَرِيمٌ * فِي كِتَابٍ مَكْنُونٍ * لَا يَمَسُّهُ إِلَّا الْمـُطَهَّرُونَ( نص در تحريم مس مصحف، بدون طهارت نيست؛ چرا كه احتمال مي‌رود ضمير در «لَا يَمَسُّهُ» به «كِتَابٍ مَكْنُونٍ» برگردد و اين ارجح از احتمال بازگشت آن به قرآن است و در ادامه، دليل سوم بر قوت احتمال ارجح و نظر حُكمي خودش را چنين بيان مي‌كند:
و لأنّ الاصل الإباحة حتي تثبت الحرمة؛
اصل بر اباحه است تا زماني كه حرمت آن ثابت شود. ^۱ حجيت تقرير و فعل معصوم: در مسأله نجس شدن چاه در اثر ملاقات با نجاسات فقها به احاديث متعددي از جمله حديث «... عن البئر تكون في المنزل فتقطر فيها قطرات من بول أو دم... ما الذي يطهرها حتي يحل الوضوء منها للصلاة؟ فوقع( في كتابي بخطّه: تنزح دلاء منها» استناد كرده‌اند. شيخ بهايي در تبيين چگونگي دلالت اين روايت بر نجس شدن آب چاه مي‌نويسد:
عبارت«حتي يحل الوضوء منها»، در اين روايت، صريح در نجاست آب چاه در اثر اين‌گونه ملاقات است؛ هر چند كه اين عبارت از سخن راوي است، لكن تقرير معصوم( (سكوت وي در برابر آن) حجت است ^۲ .
همچنين ذيل آيه وضوء (فَاغْسِلُوا وُجُوهَكُمْ وَأَيْدِيَكُمْ إِلَى الْمـَرَافِقِ...(، در تبيين چرايي نظر شيعه در شستن دست‌ها از آرنج به پايين، مي‌نويسد:
استدلال به وجوب آغاز كردن شستن از انگشتان، استدلالي پوچ است؛ چون آيه هر دو احتمال را برمي‌تابد، لكن ما شيعيان وجوب آغازيدن از مرافق (آرنج‌ها) را از فعل امامان خود شناخته‌ايم. ^۳
همچنين، بهره‌مندي از اصطلاحاتي چون، امر ^۴ ، نهي ^۵ ، اباحه امر بعد از حظر ^۶ ، مقدمه واجب ^۷ ، مفهوم غايت ^۸ ، مفهوم اولويت ^۹ ، اجماع ^۱۰ ، استصحاب ^۱۱ و ..... از ديگر تلاش‌هاي اصولي شيخ بهايي در تحصيل معناي شرعي احاديث باب طهارت است.